GERUKA ist organisatorisch in drei Arbeitsgruppen mit insgesamt 9 Teilprojekten gegliedert. In der Phase II sind die Teilprojekte A3 "Flexibilität landwirtschaftlicher Unternehmen", A4 "Effekte steigender Selbstversorgung" und C2 "Determinanten regionaler Produktions- und Marktpotenziale" neu hinzugekommen.